学院积极申报各类教育教学改革项目、课程建设项目、精品课程建设项目，聚焦学生自主学习能力提升、实践教学方式改革、中医人文素养提升、岗位胜任力培养等方面的教育教学改革。先后获批上海市高等学校一流本科课程、上海市精品课程、上海市本科重点教学改革项目、上海中医药大学教学成果奖等。